Fundación La localidad data de 1898; donde los primeros pobladores fueron personas que se emplearon para trabajar en la compañía minera Phelps and Dodge Copper Co., que tenía su fundidora en Douglas, Arizona. Al comenzar a ser construida una vía del ferrocarril para transportar fácilmente el mineral extraído en Nacozari hacia la fundición de Douglas, comenzó a llegar gente de varias poblaciones vecinas tales como Fronteras, Esqueda, Bacerac, Bavispe y otras. Comenzó así a hacerse aparente cierto movimiento debido a la importancia que iba adquiriendo la fronteriza ciudad de Douglas, donde también era fácil encontrar empleo, siendo más barato vivir de este lado de la frontera. Se le conocía como Bachicuy, que en lengua ópata significa ‘Agua que corre y mancha’, ya que se encontraba un charco que fue parte de un extenso lago que existió cerca de esta región, aproximadamente a 30 km al norte de Douglas, el cual contenía agua salada y que al evaporarse dejó en el terreno residuos alcalinos, carbonato de sodio, alcalí negro, sulfato de calcio y clorato de sodio, que precisamente al ser revuelta su agua cambiaba de color a tal grado que recibía el nombre de agua negra. Pronto el poblado se convirtió en comisaría del Municipio de Fronteras, Sonora. El 28 de agosto de 1903 se concretó la donación del fondo legal mediante un convenio del Gobierno del Estado y Don Pedro Camou, propietario de esos terrenos. Trece años después, el 28 de agosto de 1916 dejó de ser comisaría dependiente del Municipio de Fronteras, y se creó el Municipio de Agua Prieta, y se nombró a este poblado como cabecera municipal siendo su primer presidente municipal el señor Rodolfo L. Márquez. El 8 de mayo de 1933 la población ascendió a la categoría de villa, siendo hasta el 6 de noviembre de 1942 cuando alcanzó la categoría de ciudad.